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miR-QTL-Scan
Ein System, welches die Information über QTL, miRNA-Zielgene und entsprechende mRNA-Expressionsdaten vereint, um miRNAs als regulative Elemente und verantwortliche Faktoren für QTL zu identifizieren. Das System bietet sowohl die theoretische Bestimmung von miRNA-Zielgenen, als auch experimentell bestätigte Interaktionen in drei metabolisch aktiven Geweben (gonadales weißes Fettgewebe (gWAT), braunes Fettgewebe (BAT) und Muskel) von 170 miRNAs an, die in den jeweiligen QTL liegen. Um einen ersten Einblick über die Funktion einer spezifischen miRNA zu erhalten, sind Signalwegsanalysen über KEGG Pathways und Gene Ontology für die entsprechenden Zielgene eingebaut.

Erstellt von Pascal Gottmann während seiner Doktorarbeit am DIfE.

Original-Publikation:
Gottmann, P. et al. Molecular Metabolism (2018) A computational biology approach of a
genome-wide screen connected miRNAs to obesity and type 2 diabetes.
PMID:29605715 PMCID:PMC6001404 DOI:10.1016/j.molmet.2018.03.005

miR-QTL-Scan

 

Collaborative Diabetes Cross
Genomweite Kopplungsstudien einer Auskreuzungspopulation von adipösen und zu Diabetes neigenden NZO Mäusen, verpaart mit vier verschiedenen schlanken Inzucht Mausstämmen (B6,C3H,DBA,129P2), lokalisierten mehr als 290 Quantitative Trait Loci (QTL) für Adipositas, 190 QTL für Diabetes und 100 QTL für Plasma-Metabolite.  Die Ergebnisse sind hier grafisch dargestellt und Gene in QTL-Regionen können für weitere Analysen exportiert werden.

Erstellt von Lisa Zellner und Markus Jähnert am DIfE.

Original-Publikation:
Vogel, H. et al. Human Molecular Genetics (2018) A collective diabetes cross in
combination with a computational framework to dissect the genetics of
human obesity and Type 2 diabetes.
PMID:29893858 PMCID:PMC6097155 DOI:10.1093/hmg/ddy217

QTL-DZD-Cross